Средневолжский филиал ФГБНУ «ВНИРО» ранее Волгоградское (Сталинградское) Отделение ГосНИОРХ основан в связи с вводом в эксплуатацию Волго-Донского судоходного канала (постановление Совета Министров СССР № 4860 от 26 ноября 1951г.). Здание для него было построено в Сталинграде в 1957 году.
Первым директором Отделения ГосНИОРХ с момента создания до 1963 г. был Илья Иванович Лапицкий, кандидат биологических наук (с 1971 г. - доктор биологических наук).
За первое десятилетие Отделением выполнены исследовательские работы, внесшие фундаментальный вклад в рыбохозяйственную науку, в частности, в промысловую ихтиологию. Разработаны пути повышения и рационального использования рыбных запасов Цимлянского водохранилища - одного из важнейших внутренних рыбопромысловых водоемов России. В результате исследований были установлены важные биологические закономерности, имеющие теоретическое и практическое значение. Определены потенциальные рыбохозяйственные возможности водохранилища, выполнены исследования по оценке сырьевой базы.
В соответствии с приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 23 июля 2018 г. № 322 произошла реорганизация в форме присоединения Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Государственный научно-исследовательский институт озерного и речного рыбного хозяйства им. Л.С. Берга» к федеральному государственному бюджетному научному учреждению «Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии» («ВНИРО»).
В разные годы Волгоградским отделением «ГосНИОРХ», а затем Средневолжским филиалом ФГБНУ «ВНИРО» руководили:
Васильев Василий Васильевич (1964 - 1981 гг.),
Нефёдов Владимир Николаевич - к.б.н. (1982 - 1992 гг.),
Бандура Валерий Иванович - к.б.н. (1992 - 1997 гг.),
Архипов Евгений Михайлович - к.б.н. (1997 - 2003 гг.),
Яковлев Сергей Валентинович (2003 - 2007 гг.),
Долидзе Юрий Борисович - к.б.н. (2007 - 2013 гг.),
Науменко Александр Николаевич (2013 - 2015 гг.),
Долидзе Юрий Борисович - к.б.н. (2015 - 2022 гг.),
Кожурин Ефим Алексеевич - к.б.н. (2022 г. - по настоящее время).